碧雲寺在關仔嶺火山的半山腰，背倚秀麗的枕頭山，臨高遠眺，群峰起伏，一片蒼翠，廣闊的嘉南平原，臨近的白河水庫，盡收眼簾。每當晨昏，煙霞濛濛，在宗教的莊嚴氣氛中，更兼一份賞心悅目的詩情畫意。愛好旅遊的朋友，可自白河乘新營客運汽車，約二十分鐘便可扺達，沿途峰迴路轉，珍草異木參差其間，真所謂是：「山窮盡處疑無路，柳暗花明又一村。」經過一段迴轉之後，遠處的山莊小屋已不知被拋置何方，而享譽遐邇的寶剎－碧雲寺，卻已悄悄顯露在大家的眼前。
公元1701年，開山祖師釋應祥親從福建泉州晉江縣，恭請觀世音菩薩聖像乙尊，渡海來台；先是供奉於阿公店(岡山鎮)，約三個月，再迎供大仙寺。到了嘉慶元年，釋應祥祖師已在大仙寺修行三載期滿；為覓尋其晚年隱修之所，雲遊探勝，攀山涉水，終於發現枕頭山麓端山姿秀，寒氣不侵；乃斬荊披棘，結茅構宇，並將原供於大仙寺的觀音聖像迎移其間。隨後有安溪、土庫、番社(今東山)儒生林啟邦等八人，隱居本寺大岩石頂(今九股仔菜園處學地)，隔俗離塵．專心為學，果於嘉慶十一年應試登科。返梓後，率先捐款，鳩工興建，是為碧雲寺正式立寺之始。
釋應祥祖師自結茅之始，即賴其雙手，不斷墾田地、播五穀，開拓寺院所需財源；如此積年累月，總算漸具規模，而且信眾日多，香火也漸鼎盛。此後．在嘉慶及咸豐、光緒年間，都有檀信相繼捐獻，本寺各項建設始克順利完成。
民國二十年，本寺原有的建築物，都已經歷盡風霜侵襲，樑殘壁裂，百孔千瘡，乃由當時的番社庄長陳按察等信士發起，呼籲各地善信集資改建；現今供人參拜的大殿，還有觀音菩薩聖像、善財良女及十八羅漢金身，就是那個時候修建和雕塑的。民國三十八年，住持霖淨法師、明淨法師率眾增建清虛宮(天公廟)，至四十三年完工；殿堂雖不算大，但古色古香，美侖美奐，殊為可觀。先總統 蔣公曾親臨獻香，並蒙賜匾額「凌霄寶殿」。
眾信為維護本寺權益，且按照政府法律規定，於民國四十三年成立火山碧雲寺管理委員會，由 陳澄沂 先生膺選為首屈主任委員於民國五十五年興建地藏王寶殿，由各方檀信佈施捐獻，大力支持，於民國五十六年竣工。
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