明永曆十五年間（西元一六六一年）延平郡王鄭成功反清復明議取台灣為根據地，即誓師東征，祭告天地百神及大明諸先帝，親駕金陵武坊，虔祈玄壇元帥，呵護大明軍，武運如願，大業成功，擇定三月望日，玄壇元帥聖誕日為興兵之期，隨即奉請玄壇元帥神像香火護佑大軍，於同年十二月攻取台南赤崁城。
永曆十六年春（西元一六六二年），征伐台灣北部，登陸於南崁港，駐紮虎頭山下（即今五福宮址），樟樹下張募置案，奉安玄壇元帥神像香火，清沾拭塵，印劍供前，營盤戎旗二十八宿，全軍幸得玄壇元帥之神威護佑，繼征鶯歌、淡水、基隆各地，參將陳絳駐守淡水，千總蔡先熙戎旗本營（營盤口即今五福村），將本營武坊玄壇元帥寶座書聯曰：呵護朱明顯聖扣東都，玄武英靈驅邪來北極。
永曆十七年（西元一六六三年），千總蔡先熙，建造茅屋，五館十五宅，奉請玄壇元帥鎮守中館，館門書曰：威震蠻夷宏開漢家業，華夏肇慶衍祚天地長。
永曆十九年（西元一六六五年），明軍征台順利，鄭經褒忠諸將士，將之以祿，叩拜天地百神，崇之以祀，封稱玄壇元帥為開台元帥，將中館敬號為「元帥廟」，年年慶祝開台元帥千秋。
永曆三十七年（西元一六八三年），七月，鄭克塽信知天命之所歸，繳奏版籍土地人民，歸順大清，明軍各鎮守坊士卒解甲，各自流移，千總蔡先熙已七旬有一，順隱漳浦晚年。但因征伐同仁，來往於元帥廟，朝崇開台元帥，會親共祝千秋，遵循成例，均沾雨露，陳述維護元帥廟，由憑成例來自於此焉。
迨康雍年門北台日漸開發，墾殖撫蕃日漸有成，平埔族原住民開始對漢人放佃招租，昔日南崁玄壇廟（元帥廟）已漸成為南崁社與坑仔社等平埔族與漢人信仰生活中心。
乾隆四年（西元一七三九年）坑仔社漢佃陳老備銀 二十四兩 ，請南崁玄壇廟住持周添福（福建泉州府晉江縣人氏）代為報課陞科，繳納租谷，但周添福擅自把租谷當成香油錢，盡施南崁玄壇廟，以為重修廟宇之用。
乾隆五年（西元一七四○年）廟宇朽敝，經鄉善斥資重修，此次的重建必與前之簡陋草寮小祠截然不同，遂有志書誤記「南崁廟口庄元帥廟及大眾廟」建立於此年，實屬有誤。
乾隆十五年（西元十七五○年）因應時變，增設官制，主持民政，民生蒙獲改善，同時南崁玄壇廟住持周添福駐廟宣道佈教，信者益篤，香煙愈盛，原建之廟宇不能滿足庄民之所需，於是年廢除馬舍，擴建廟基，厥功最大，後人感念，設立「開基施主周添福祿位乙座供奉」。
嘉慶十三年（西元十八○七年）及道光三年（西元十八二三年）經兩次修繕並舉行祈安建醮，今廟中獨存鎮宮之寶「道光參年冬，南崁暨各庄，元帥廟，祈安建醮，捐緣眾弟子同立」之石香爐乙座，至今已一百八十餘年矣！
同治五年（西元一八六六年），本邑諸先賢，倡議改建廟宇，一倡百隨，改建為前後二楹，增加後殿、拜殿，廟貌煥然一新，並添建「聖蹟亭」，亦名「惜字亭」乙塔，以供焚化字紙、祭文、祭器等，焚化後之字灰，美其名為聖蹟，至翌始告完竣。
本宮後殿建造使者公洞，相傳此神蛇，在當初明軍於樟樹下設置香案時，此神蛇就群棲於樹上護其香火，建廟後廟內樑上、廟外樹上，條數難清，且能與人親善。於民國十三年擴建廟基時，基地內發現穴中有蛇，眾欲捕捉未獲，不知去向，落成之日，忽有群蛇集於宮前，時人咸稱神蛇，名曰：「使者公」，皆不敢近，後忽不見。宮前有大榕樹其下有穴，鄉民常見蛇夜蟄其中，日出村野，不傷人畜，惟貪食附近人家雞蛋，於民國六十六年間，經信眾建議建造蛇洞，收集廟內外之神蛇於洞內，以避免民家及香客之困擾。
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