康熙54年（1715），來台經商的泉漳諸商旅，為了祈求海上平安、貿易順利，不惜投下了重資，合力興建水仙宮，以奉祀海上守護神─水仙尊王。初建為 3 進大殿，規模宏偉而壯麗。
隨著海上貿易日漸興盛，商旅組織因而形成，先後發展出以北郊蘇萬利、南郊金永順、糖郊李勝興為首的~三郊~ 龐大貿易商公會，並在水仙宮內設立總辦公處「三益堂」，處理一切郊務，及指揮調派工作，水仙宮於是一躍成為城西的商業中心。隨著商業鼎盛，茶樓酒肆、青樓妓院亦紛紛興起，繁華熱鬧達到最高點，遠非當時府城各坊所能及。咸豐 9 年（1859）的詩如此描述著：「水仙宮外是儂家，往來估船慣吃茶，笑指郎身似錢樹，好風吹到便開花。」
「郊」指的就是以前商行的工會組織，類似今日的商業同業工會，掌控著台灣經濟貿易的動脈。
府城三郊
府城開發早，人口多，各種需求相對增加，是促進貿易發達的主因。當時台灣最早「郊」的組織，就在開港最早的台江邊出現。先後發展出北郊蘇萬利、南郊金永順、糖郊李勝興等大郊商，並進一步合成一個大組織，就是三郊。
三郊的貿易市場各不相同，進出口貨物的內容也互異。
北郊以廈門以北各港的貿易為主，專司藥材、絲綢、南北貨等的輸入；
南郊與廈門以南各港做生意，專門採辦煙絲、陶瓷、磚瓦等貨物；
而糖郊主要從事的則是糖、米、豆、麻等的出口與轉運。
但隨著南勢港港道的淤塞，水仙宮前的景象也完全改觀。「水仙宮外盡成途，滄海揚塵信不誣」，水仙宮口的港道西移，熱鬧風光亦隨之遠離了。日治末期，正值二次大戰，日人為建防空地，拆除水仙宮的後、中兩殿，並將廟內古文物悉數拍賣，空留前殿。
台灣光復後，街眾里民感懷於昔日水仙尊王的庇佑，便以僅存的前殿為基礎，合力重建而呈今貌。如今廟內尚留有一些清朝石作，其中以門前一對抱鼓石雕工最為精美，值得細看。此外，廟內左右壁上各嵌有 2 塊碑記，記載著水仙宮的一段滄桑史。
海上守護神：
水仙宮主祀海神水仙尊王。早期台灣與大陸間船隻往來頻繁，因海上風險大，為求平安抵岸，所有船員及從事海上貿易的郊商，便都奉祀海神水仙尊王。
據傳海船遇難時，只要船員散髮、齊口學征鼓鳴叫，並手持筷子做划船狀， 即能度過難關，稱為「划水仙」。水仙宮內所奉最早的水仙尊王，據傳可能在日治時期被移至大天后宮，而目前所祀的5位則係：禹帝（大禹）、楚王（項羽）、奡王（寒奡）、屈大夫（屈原）、伍大夫（伍子胥），俗稱為「一帝二王二大 夫」，都與水有密切的關係。
