本省唯一由乾隆皇敕建之媽祖廟，地位尊崇。採宮殿式建築，規格完備且氣象巍峨。廟埕石碑併立，詳載大將軍福康安平定林爽文叛變之事蹟，史物昭彰，發人省思。官服裝扮之金、柳將軍則威儀十足，蔚為特色。
敕建緣起
乾隆五十一年冬，台中地方移民中最有影響力的領袖人物林爽文聚眾反叛，在大里﹝今之台中縣大里市﹞起事。短短一個月內破大墩、彰化城、諸羅、斗六門、南投等地。未幾，南路莊大田亦攻鳳山縣，南北兩路會師合攻台南城，至此戰火遍及全台、府城告急。於是乾隆五十二年正月四日清廷派水師提督黃仕簡，率兵由金門抵鹿耳門， 四月六日 陸路提督任承恩，率兵由興化抵鹿港，再命總督常青督師來援，但均未能奏功，情況由劣勢轉為危急，震動清廷。八月初乾隆皇帝降旨，詔命其最親信之滿州鑲黃旗人協辦大學士陝甘總督嘉勇公福康安為大將軍率領巴圖魯侍衛數百員及十萬大軍，戰船數百艘於 十月二十八日 由福建崇武澳出發，海途中忽遇颶風侵襲海浪波濤洶湧，全軍譁然，福康安亦失色，於是虔禱聖母，果得庇佑，一時風平浪靜， 十一月初一 日大軍安然抵鹿仔港，一時港口檣桅如櫛，連接數里之遙，軍威大振， 十一月初四 日開始進軍，兵臨諸羅數縣所向無敵，福康安默知有此奇蹟，乃聖母神助，於是上奏天子，是年臘月奉詔撥賜國帑擇地敕建天后宮以奉祀，並委任候補知府德明額督工興建，自此清軍連戰連捷，勢如破竹，十二月征剿北路，至五十三年二月初五日南北兩路戰事均告平息，其間祇不過三月餘，同年德明額受將軍委任督建之天后宮，其一切工程皆與文武各官及紳耆、董事人等同襄厥事，於丁未臘月之吉，砌基豎樑，戊申五月廟貌告成，蒙賜國帑金一萬一千餘圓，未敷之數四千八百圓由總董事林振嵩輸誠勉力，六月間奉像入廟，乾隆皇帝加封本宮聖母為「護國庇民妙靈昭應宏仁普濟福佑群生誠感咸孚顯神贊順天后」，其位尊至高凌駕於其他各地媽祖廟之上。
宮內文物
介紹寺內的匾額，石碑等文物。鹿港新祖宮自乾隆年間以來，不但是閤港寺廟，且香火鼎盛，信徒遍及中部各縣市。且由於歷史悠久，然仍留下不少的文物。以下分別介紹寺內的匾額、石碑和古物，以見其一斑。
匾額：佑濟昭靈、后德則天、海天光被、恩昭瞬息、表海揚休。
石碑：敕建天后宮碑記。天后宮田產記。重修廟宇碑記。重修天后宮記。
古物：「文官下轎、武官下馬」石碑、石香爐、石花瓶、石燭台。
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