鳳凰山寺地處鳳凰山麓，係供奉陰那山慚愧祖師，已逾三百年歷史，據說於，清康熙年間，莊氏先人莊友觀之先祖率其同夥數十人，由福建渡海來臺至頂城庄時，視此處土地肥沃，地貌亦似故鄉,故乃結草為蘆，開荒墾拓，並安奉隨隊之慚愧祖師香火以為守護神，設座禮拜，後經居民決定另建茅草平房供信眾參拜，因其廟址位於頂城,俗稱頂城祖師公，後因香火鼎盛，復進行廟身擴建，因頂城庄地處鳳凰山下，故定名為~鳳凰山寺~而沿用至今，清乾隆三年(公元1738年)受乾隆皇帝敕封為臺灣府三大寺廟之一，其分別為萬華龍山寺，台南開元寺，及鹿谷鳳凰山寺。.
了拳，陰那山開山祖，姓潘，別號慚愧，閩之沙縣人，元和 十二年三月二十五日 生，初生左拳曲，因名拳,彌月一遊僧至，父抱兒示之，僧書了字於其拳,指立伸.更名曰了拳，幼穎悟，不茹葷，年十二,喪父母依於叔母，不能容，十七，去潮之黃砂社車上村(今大埔縣地)，依嫠婦游氏為母，日與牧童登赤厥嶺，曠觀如有所得，令放牛山麓，拳以杖畫地牛不敢他逸，或以烹魚啖之，受而投諸水，魚復活，黑質白章，今其遺種名【尾上焦】視也，嶺左溪潭有石如伏虎，閉目跌坐，其上如老僧，嘗以指甲寫[大生石頭]四字于右，大如掌，歷風雨剝落，點畫宛然，愛其山水之勝欲結茅于此不果，迨游母歿，為營而去,，後人為築靈覺寺，繼之上甫田，有二寺，一名清泉，一名龍泉，相傳昔僧卓錫取泉之處，至神泉市,，欲濟無舟,，折葦以渡，登黃龍獻爪山，循頂西行，抵坪砂社之楠樹坑，依袁姓三年而去，後人因其地為高暩寺，袁陟芒洲岡之巔，西望陰那，五峰蟬聯，聳峙雲表，神賞者久之，便欣然欲往，過滸梓村，求水弗得，乃卓錫成井，中有石龜，至今存焉，雖旱抗泉不竭，後人建菴其地，名靈山寺，拳像在焉，歲旱遠近祈禱，其應如響，至陰那斬石刊木，建道場為修真修地，日說法，眾多不省，住陰那三十餘年，一日語其徒曰，從前佛祖皆宏演乘自便以度人，我未能也，心甚愧之，圓寂後，藏我骸于塔，當顏其額曰慚愧，因偈云，【四十九年，無繫無牽，如今撒手歸空去，萬里雲開月在天】，語畢端坐而逝，時懿宗咸通二年辛巳 九月二十五日 也。
陰那寺，古柏三株，各大數圍，蒼翠參天，為拳手植，歿後屢顯靈異，曾往江西與王府工匠，立劵造寺，匠如其言，至陰那訪之，守者曰，師坐化已三年矣，匠謁殿前，建塑像儼如所遇，明初御史梅鼎舟過蓬辣灘，水洶湧，舟幾覆，見老僧于岸，隱約指點，舟得無恙，嘉靖間，三饒寇亂，過陰那，將士擄掠，乎雲霧四起，呎尺不辨人，賊迷失道，各村賴以全，三月誕辰，山中必有風雨，相傳為法雨洗殿云。
環顧清末時局，國勢陵替，而日本歷經明治維新，成一東亞新興強國，故遂欲擴大海權，台灣首當其衝，清同治十三年，日軍以一軍人在恆春失蹤為由，藉機故起事端.進剿牡丹社，此乃著名牡丹社事件，該事件旋聞於清廷.為防衛其東南門戶，遂銳意經營台灣，乃遣欽差大臣沈葆楨督辦台灣軍務，沈氏為加強台灣防務，遂奏請清廷，於台灣北中南三路開闢東西通道以貫通後山(今中央山脈) ，使軍事力量擴及於東台灣，清廷於同年七月准奏，中路以福建福寧總兵吳光亮為統領，率領軍士.開拓孔道。
自光緒元年(西元1877年)起，吳光亮偕同乃兄吳光忠由林杞埔(今竹山鎮)為始，經大坪頂， 二月七日 由頂城庄開工直抵鳳凰山麓，復由此進入中央山脈，自歷時寒暑，終抵花蓮璞石閣(花蓮玉里)，此道稱為~八通道~
吳光亮開路至頂城之時，其地適為諸多番人所居，侵擾不已.墾拓工程頗遭延誤，又因工程困難，為使開山軍務得以順遂，吳氏遂躬禱於慚愧祖師，希盼得於神明庇護。
相傳光亮與其部屬某日於楠子腳萬社為番民所困，勢甚危急，幸得祖師爺顯聖，身化紅布裹頭之小兒，擊退番民，吳氏始化險為夷，工程完成後，為酬答祖師護祐之恩，光亮之兄光忠於光緒元年呈奉慚愧祖師~祐我開山~匾額以謝神澤，而光亮開通道，抵鳳凰山麓之時，為資紀念。特銘~萬年亨衢~四字於鳳凰山璧，盼此道亨享萬年，長存永保，該古蹟尚存於鹿谷鳳凰谷鳥園。
後吳氏返京，遂將慚愧祖師顯靈一事秉奏於上，清光緒三年(西元1878年) ，上命光亮為台南府鎮台官，駐守台南，並敕令其重修，光亮返台後，旋知會鳳凰山寺寺主莊阿福，告知修廟之事，並賜其護衣一件，建寺所需經費至府城領取，然將修廟之際，莊氏適染足疾，復以交通不便，難以南下領取建廟資費，委由其子莊阿眛及遴派代表林乞來.蘇玉山.黃水秀等人，於二月上旬出發至台南商談建寺事宜。林氏等人於 三月二十日 方抵達崁城，而光亮久候無功，乃於 三月十八日 回京，失之交臂，修廟計劃遂遭耽擱，後台灣不久遭日軍所佔，致使修廟一事無疾而終，日軍佔台後，護衣恐為日人所奪，遂將此衣藏於麻竹林內，隱置於鳳凰山一火炭窯中，光復後，復尋護衣於炭窯之中，惜年久日深.窯身損毀，護衣遂遭腐毀.不得完存。
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