相傳明永曆十五年（一六六一年）鄭成功自福建湄州請了三尊「軟身寶體媽祖」神像（坐姿高約四尺至四尺四寸）做為護軍之用。一六六四年，鄭成功攻台迫荷蘭人獻城投降後，據民國八年（西元一九一九年）日人所編「台南祠廟名鑑」一書，記載康熙七年（即永曆二十二年，西元一六六八年）鄉民在安平海邊建廟，奉祀媽祖；原址為現今的安平西門國小，名「天妃宮」，為漁民、商旅、負販與安平士民的信仰中心，香火不斷，亦是台灣地區媽祖信仰重鎮。清同治十三年（一八七四年）改稱「天后宮」。
清光緒二十一年（西元一八九五年）甲午戰敗，台灣割讓日本，依據故老相傳，日軍入安平之際，有清軍兵勇多人受困於媽祖宮，慘遭日軍殺戮，屍首竟然埋於廟後空地；神聖殿堂因遭血腥之污，終致香火冷淡、棄置不用。其後日人設立安平公學校，乃以該廟作為教室使用，進而做為日人小學校，餘地終致標售拆毀；主祀的三尊媽祖神像與配祀諸神像被迫寄祀於安平各廟，其中「大媽」祀於廣濟宮，「二媽」祀於靈濟殿，「三媽」祀於妙壽宮。民國五十五年（一九六六年）天后宮在清代安平水師衙門故址（亦是現址）重建。
正殿工程完竣，乃將昔日寄祀於安平各廟的三尊媽祖神像奉請入廟安座，安平人信奉的「媽祖」終得以重興香火。民國六十二年（西元一九七三年）更增建鐘、鼓樓與兩廂，規模更擴大，及至民國六十四年（西元一九七五年）三月，重建工程全部完竣，廟貌宏偉，金碧輝煌；次年三月舉行落成祈安建醮大典，熱鬧非凡。
「安平開台天后宮」主祀天上聖母「媽祖」，廟內三尊「軟身寶體媽祖」神像有一傳奇故事，相傳三尊媽祖係鄭成功自福建湄州請做護軍之用，鄭氏被滅之後，湄州「祖廟」要求歸還，安平地方父老不肯，最後議定神前連續「百筊」決定，未料祖廟竟連續二次「百筊」請回大媽、二媽，最後三媽僅差「一筊」讓安平父老保住「三媽」，這段「安平媽」神顯傳奇，現少有人知悉。
「天后宮」廟內三尊「軟身寶體媽祖」神像，係於明永曆十五年，延平郡王鄭成功自福建湄州請做為護軍之用。福建湄洲祖廟發現媽祖神像，在鄭成功東征之前忽然失蹤，偏尋無著，祖廟聽傳係鄭氏隨帶媽祖東征渡台，唯台灣隔阻重洋，且鄭經又繼承父志，以藩府所在地台灣「安平鎮」為抗清基地，以後揮軍反攻閩之沿海，戰事頻傳，祖廟雖欲來台調查，但限於當時時局，依然無法成 一直到鄭氏被清所滅，台灣入清朝版圖之後，中國與台灣之交通始日臻頻繁，而媽祖神像之下落，已傳布至福建湄洲祖廟，湄洲祖廟得報，即派人到台灣來察看，果真在安平「天后宮」發現，廟內所奉祀的三尊媽祖神像，原係湄洲祖廟之神像。湄洲祖廟發現此事，就與安平媽祖廟董事會交涉，要求給還三尊神像歸宗。但安平地方父老反對湄洲祖廟之要求，不肯採納，因此雙方發生極大爭議，互相堅持不讓步而不能解決。
最後雙方議定在媽祖神前設案擲筊決定，但當臨擲筊前，安平父老為保「媽祖」而暗欲刁難，要求必須用磁碗作「筊配」才肯答應；而湄洲祖廟廟方對此要求不假思索即同意，於是進行擲筊竟連擲「百筊」，湄洲祖廟廟方以為終可請回媽祖，事情可圓滿解決。
未料安平方面再次出言為難，聲稱雙方百筊之約只是限「大媽」聖像而已。湄洲祖廟這方也無可奈何，只得將「大媽」奉請下座，如此在安平地方父老眾目睽睽之下通過第一關。第一關之後，「二媽」竟也讓湄洲祖廟廟方一連順利獲得百筊奉請下座，這種幾乎不可能的情況，令現場參觀群眾鴉雀無聲，靜觀究竟。第三關之三媽，也依次繼續開始擲筊，又是一筊一筊的進行，一直到九十九筊，當安平方面眼見只差一筊即將百筊，個個呆若木雞，只有等待最後一筊論結果；正當眾人屏息以待，那聖筊擲出剎那間，筊配之一突由地直騰而起，不偏不倚飛插夾在中樑正中央，懸而不下，眾人甚感神奇，認為係「三媽」神示所在。
事後，湄洲祖廟方面知道安平信徒之虔奉媽祖，尤出至誠，所以讓步，始應允安平信徒的要求，將「三媽」神像留在安平媽祖廟內奉祀；於是「大媽」與「二媽」神像，即在雙方和氣之下歸宗，此事終告和平解決；事後湄洲祖廟重新粧塑大媽與二媽神像，分靈送到安平「媽祖宮」供奉，以感念安平地方父老對媽祖虔誠。
故相傳昔時湄洲祖廟派人請回大媽及二媽寶像之後，安平「媽祖宮」雖添足神像供奉，惟對新塑的神像，老一輩一直來都忌諱其言，所以逐漸少人知悉。
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